В основе организационной структуры Асссоциации клинических фармакологов находятся региональные представительства, региональные отделения с индивидуальными членами, рабочие группы и отдельные эксперты, а также вспомогательные подразделения (бухгалтерия, кадры и договорной отдел на аутсорсе). 

Главный руководящий орган - Конференция Ассоциации, в промежутках между конференциями - Правление во главе с Президентом. Исполнительный орган с делегированными полномочиями организации основных текущих процессов и операционной деятельности - Исполнительный директор.

Для обеспечения выполнения НИОКР Ассоциация привлекает как собственных членов (временные трудовые коллективы), так и внешних подрядчиков (организации, ИП и физических лиц-экспертов).